Doktorsnemi skal frá upphafi náms hafa leiðbeinanda. Að öllu jöfnu er hann akademískur starfsmaður í viðkomandi deild við Háskóla Íslands og er hann jafnframt umsjónarkennari doktorsnemans. Samkvæmt viðmiðum og kröfum Háskóla Íslands um gæði doktorsnáms getur hver leiðbeinandi að hámarki haft 4 doktorsnema á hverjum tíma og fylgir Hugvísindasvið þessu viðmiði.
Leiðbeinandi skal hafa lokið doktorsprófi eða jafngildi þess, vera viðurkenndur og virkur sérfræðingur á viðkomandi sviði og hafa birt ritsmíðar á því sviði á vettvangi sem gerir strangar fræðilegar kröfur. Möguleikar nemenda til að fá styrki til doktorsnáms geta oltið á því hve virkur og viðurkenndur leiðbeinandi er á sínu sviði, en einnig því hve margir doktorsnemar eru hjá viðkomandi leiðbeinanda. Samkvæmt viðmiðunarreglum á Hugvísindasviði er ekki talið æskilegt að sami aðili sé með fleiri en fjóra doktorsnema.
Heimilt er að skipa leiðbeinanda utan deildar en þá skal nemandi frá upphafi náms hafa umsjónarkennara sem er akademískur starfsmaður deildar. Umsjónarkennarar þurfa að hafa lokið doktorsprófi eða jafngildi þess. Í slíkum tilvikum fylgist umsjónarkennari með vinnu doktorsnema og framvindu, með það fyrir augum að tryggja honum sömu stöðu og öðrum doktorsnemum innan deildarinnar og jafnframt að nám og leiðsögn sé í samræmi við reglur deildarinnar.
Hlutverk leiðbeinanda er að sinna leiðsögn við doktorsverkefnið og fylgjast með framgangi þess, sem og að veita ráðgjöf um faglegt og fræðilegt samhengi rannsóknar og verkefnis. Doktorsnemi ráðfærir sig við leiðbeinanda (og umsjónarkennara, ef við á) um gerð rannsóknaráætlunar, skipulag námsins, val námskeiða, ef við á, og annað sem tengist náminu. Leiðbeinandi aðstoðar jafnframt doktorsnema við að sækja um rannsóknarstyrki og aðstöðu (t.d. vegna rannsóknardvalar erlendis). Sé nemandi í 240 eininga námi við Íslensku- og menningardeild er leiðbeinandi (og umsjónarkennari, ef við á) ráðgjafi doktorsnema um það nám og í vissum tilvikum leiðbeinandi einstaklingsverkefna hans.
Mikilvægt er að samstarf doktorsnema og leiðbeinanda byggist á trausti og gagnrýnum samræðum um viðfangsefni doktorsnemans. Gangi samstarf leiðbeinanda og doktorsnema ekki sem skyldi geta annar hvor eða báðir óskað eftir því við doktorsnámsnefnd að nýr leiðbeinandi verði skipaður. Umsókn um slíkt er einkum metin á grundvelli rökstuðnings sem henni fylgir og með hliðsjón af möguleikum á að finna annan hæfan leiðbeinanda. Láti aðalleiðbeinandi af leiðsögn doktorsnema af óviðráðanlegum ástæðum leitast deild eða námsbraut við að útvega nýjan leiðbeinanda.
Sjá nánar í 9. gr. reglna um doktorsnám við Hugvísindasvið.